شفافیت در روند کاری و پاسخگوی در مورد کارهای انجام شده در تمامی نهادها یک اصل مهم است. کمیسیون مستقل انتخابات نیز سازوکارهای قانونی، جهت شفافیت و پاسخدهی به شهروندان کشور در نظر گرفته است.
در سال 1383 برای نخستین بار قانون انتخابات تدوین و از جانب رییس جمهور توشیح شدند. تنظیم و برگزاری نخستین انتخابات با همکاری دفتر سازمان ملل متحد صورت گرفتند. به منظور برگزاری نخستین انتخابات ریاست جمهوری و انتخابات پارلمانی 1384 «دفتر مشترک تنظیم انتخابات» مرکب از اعضای داخلی و خارجی تشکیل شدند.
کمیسسیون مستقل انتخابات به عنوان کمیسیون موقت در دفتر مشترک آغاز به کار کرد و انتخابات ولسی جرگه 1384 را برگزار نمودند. دفتر مشترک تنظیم انتخابات تا پایان انتخابات ولسی جرگه فعال بودند، سپس منحل و براساس ماده 156 قانون اساسی افغانستان کمیسیون مستقل انتخابات برای اداره و نظارت بر هر نوع انتخابات و مراجعه به آرای عمومی در کشور، ایجاد و جاگزین دفتر مشترک تنظیم انتخابات گردید. وظایف و صلاحیتهای کمیسیون مستقل انتخابات در قانون انتخابات معین شده است.
برای رسیدگی به تخلفها و تخطیهای انتخاباتی کمیسیون شکایات انتخاباتی مطابق قانون انتخابات عمل میکند. موضوعاتی را که در محدوده صلاحیت کمیسیون شکایات قرار داشته باشند در صورت موجودیت شکایت یا اعتراض ویا بدون موجودیت آنها، مورد رسیدگی و بررسی قرار دهند. کمیسیون مستقل انتخابات به منظور تأمین شفافیت در روند انتخابات و حسابدهی بهتر به مردم افغانستان یک سلسله اقداماتی روی دست گرفت که سلامت انتخابات را حفظ نماید.
با رویکرد شفافیت از تمامی مراحل انتخابات، پاسخگوی و اطلاعرسانی به مردم افغانستان را افزایش داده است. تلاشها و سهولتهای ذیل را جهت شفافیت و حسابدهی به شهروندان در نظر گرفته است: